菊花茶虽然有如此多的好处，但也并非人人皆宜。这是因为菊花性微寒，比较适合于阴虚阳亢或实热体质的人服用，《本草汇言》认为菊花对于“气虚胃寒，食少泻泄之人，宜少用之”。现代研究也发现，极少数人长期大量饮用菊花茶会出现食欲减退、腹疼腹泻、咽喉疼痛加重等症状。所以，在饮用菊花茶时必须因人而异。平素怕冷、手脚发凉、脾胃虚弱等虚寒体质者最好和菊花茶保持适度的距离。

此外，需要注意的是临床上已有服用菊花导致过敏的报道，因此，过敏体质者一定要格外注意，饮本品时一旦出现皮疹等过敏反应时，应立即停服，必要时及时就诊。